Due sono i settori: la zona evaporante e la zona salante. L'acqua marina viene fatta
penetrare, spesso con l'aiuto di pompe, all'interno delle vasche di prima evaporazione, dove avviene la concentrazione del sale. Da qui l'acqua passa in bacini più piccoli, dove con l'evaporazione si ha un aumento della percentuale del sale. Tramite paratoie, l'acqua ormai satura di sale, passa nel bacino salante, dove il sale si deposita sul fondo. Il liquido in superficie, privo di cloruro di sodio, viene messo da parte, per essere riversato in mare o in altri bacini per la produzione di altri sali. A questo liquido, viene dato il nome di "acque madri".
Per la raccolta bisogna estrarre il sale senza mescolarlo col fondo della salina, per non inquinarlo di argilla delle vasche. Lo spessore del sale depositato varia dai 10 ai 20 cm per la sua compattezza, per poterlo trasportare, è necessario frantumarlo con zappe.
Nella salina di Cagliari, degli 836 ha di specchi d'acqua, circa 723 ha sono di superficie evaporante e 113 ha a superficie salante con un rapporto tra le due superfici di 6: 1, quindi inferiore al rapporto considerato ottimale per la fascia climatica del Mediterraneo meridionale che è di 7:1.
Il funzionamento idraulico è basato sul movimento naturale dell'acqua, per la caduta da una vasca all'altra. Le conseguenti perdite di quota non consentono una rapida movimentazione dell'acqua salata, che necessita di un sollevamento di 50-70 cm.
Due sono le stazioni di sollevamento, idrovora del Rollone e idrovora di Palamontis, per la movimentazione interna e lo scarico delle acque, oltre alla stazione di sollevamento per la presa delle acque, idrovora del Poetto.
L'acqua del mare viene prelevata dall' idrovora del Poetto con due elettropompe, quindi convogliata lungo un canale nello stagno di Molentargius. Per spinta naturale l'acqua passa poi, in un percorso obbligato, attraverso una serie di vasche servitrici e quindi nelle vasche salanti. Nelle vasche salanti, avviene la precipitazione del cloruro di sodio. L'acqua ormai priva di sale, ma ricca di altri sali, chiamata acqua madre, viene raccolta da canali ed adotta alle due idrovore del Rollone e di Palamontis, che, con il sollevamento, ne permettono lo scarico nel canale La Palma, in collegamento diretto col mare.